殺菌劑的選擇一般通過殺菌試驗篩選，在應用于現場。由于現在殺菌劑的種類越來越多，在篩選時需要考慮以下因素：
1、 廣譜高效，選擇的殺菌劑應該能有效控制種類廣泛的微生物，對各種細菌、真菌和藻類都有效。使用后，殺菌劑的殺菌率應在90%以上，藥效要能維持24h。
2、 不危害環境，為防止排污水對環境造成污染，應了解殺菌劑的毒性等級，降解性能，對使用地區的環保部規定及允許的排放標準。非氧化性殺菌劑，在投加24h后才能排污，而且其余毒要達到環保要求。
3、 與其他化學藥劑和使用條件相容，殺菌劑可以與阻垢緩蝕劑及其他殺菌劑匹配使用，不互相干擾。例如季銨鹽與陰離子表面活性劑共用時，易產生沉淀，也不宜與氯酚類殺菌劑共用。當水中含氨或還原性物質時，會影響氧化性殺菌劑的效果。
4、 注意微生物的抗藥性，應避免長時間單獨使用一種非氧化性殺菌劑，最好兩三種交替使用。如果只是偶爾使用非氧化性殺菌劑，則可以不必考慮抗藥性。
5、 經濟實用，殺菌劑最好能高效價廉，來源方便，溶解性好，實用安全方便。在循環冷卻水系統中，殺菌劑的種類可以隨時改變，但最好做一個規劃，選擇一個較好的方案。例如非氧化性殺菌滅藻劑單獨使用比氧化性殺菌劑為主，非氧化性殺菌劑為輔的使用方案費用要高很多，又例如兩種或兩種以上的殺菌劑配合使用可以增效，這些都可以使殺菌劑的用量減少，費用降低。
